Hệ vi sinh đường ruột là cộng đồng phức tạp của các vi sinh vật sống trong các vùng tiêu hóa của người, động vật. Đây cũng là chủ đề thú vị nhất về sức khỏe con người nhưng vẫn còn nhiều quan niệm chưa đúng, đôi khi lại cường điệu hoặc đơn giản hóa gây ảnh hưởng trực tiếp đến sức khỏe con người.